Vaste ensemble naturel composé principalement de vasières et de prés salés, la baie de l’Aiguillon s’ouvre au sud sur le pertuis Breton et l’Océan atlantique. L’aspect actuel de la baie de l’Aiguillon résulte des endigages successifs qui, du Moyen-âge à 1965, ont isolé près de 100 000 hectares de l’ancien Golfe des Pictons pour créer le Marais Poitevin.
Au rythme lent des aménagements hydro-agricoles, s’est mis en place une couronne de polders agricoles ceinturant l’anse. Ainsi, c’est presque l’ensemble des canaux et rivières drainant le Marais Poitevin qui aboutit dans la baie. C’est ce caractère maritime et humide qui lui confère un intérêt primordial pour l’accueil des oiseaux d’eau migrateurs et hivernants.
La Baie de l’Aiguillon est donc à l’interface de deux écosystèmes : l’écosystème marin du Pertuis Breton et l’agro-écosystème du Marais Poitevin. Cette situation donne lieu à la confrontation des eaux continentales et marines, qui permet la mise en place de formations biologiques typiques des milieux estuariens ou des golfes fermés à la sédimentation très active.
Vase séchée (RNN Baie Aiguillon)
De ce fait, la Baie de l’Aiguillon constitue un site représentatif des prés salés atlantiques entourant une immense vasière. Seuls quelques sites comme la Baie du Mont-Saint-Michel ou la Baie de Somme, se caractérisent aussi par la présence de cette formation végétale si particulière tant sur le plan patrimonial qu’écologique, à même d’accueillir des espèces animales et végétales rares et/ou menacées tout en maintenant les activités agricoles traditionnelles (fauche et pâturage).
En effet, la baie constitue un des sites français les plus importants pour l’accueil des oiseaux d’eau migrateurs, répertorié à ce titre comme un site d’hivernage et de halte migratoire d’importance nationale et internationale. D’une manière plus générale, le marais maritime de la baie de l’Aiguillon est un milieu naturel remarquable de part sa productivité exceptionnelle qui se situe parmi les plus importantes du globe. Cette productivité, dite primaire, est la base d’une chaîne alimentaire complexe, de sorte que la baie fertilise le milieu marin adjacent via les mouvements de la marée ou des organismes eux-mêmes (crustacés, mollusques, poissons…).
