Un projet de longue haleine. Proposé pour une mise en réserve dès 1959, le projet fut repris par Michel Brosselin et l’Association de Défense de l’Environnement en Vendée en 1972, lorsqu’un projet d’assèchement de la baie vit le jour. Il faut rappeler ici que le dernier endiguement sur les communes de l’Aiguillon-sur-Mer et Saint-Michel-en-l’Herm date seulement de 1965.
À la demande de la Fédération Départementale des Chasseurs de Vendée, la partie située au nord du chenal de la Sèvre niortaise a été érigée en Réserve de Chasse Maritime dès 1973.
Le dossier de réserve naturelle est resté sans suite jusqu’en 1983, date à laquelle les associations de protection de la nature et la fédération des chasseurs de la Vendée s’élevèrent contre une demande de concession aquacole sur les mizottes de Champagné-les-Marais. Fut alors reconnu l’intérêt de préserver l’intégrité de ce milieu dont les qualités sont indispensables aux besoins des espèces qui le fréquentent en grand nombre. En 1991, les chasseurs vendéens et la Fondation Nationale pour la Protection des Habitats de la Faune Sauvage ont ainsi acquis 200 ha de mizottes pour les protéger de tout aménagement lourd.
En 1986, la Fédération Départementale des Chasseurs de la Vendée et la Ligue pour la Protection des Oiseaux présentèrent à nouveau un projet de protection. Pourtant, il faudra encore plus de 10 ans pour que le projet aboutisse à la création de la Réserve Naturelle de la baie de l’Aiguillon (Vendée) par le décret n°96-613 du 09 juillet 1996. C’est l’Office français de la biodiversité (anciennement connu en tant qu’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage), établissement public dépendant des Ministères chargés de l’Environnement et de l’Agriculture, qui fut nommé gestionnaire en 1997 avec une participation de la LPO, notamment pour la réalisation du plan de gestion.
Côté charentais, le classement va prendre plus de temps et la partie charentaise de la baie de l’Aiguillon, miroir sur la rive sud de la Sèvre niortaise, sera classée en réserve naturelle en 1999 (décret n°99-557 du 2 juillet 1999), permettant ainsi de doubler la superficie de la réserve naturelle et de protéger l’ensemble du site. L’OFB et la LPO en sont gestionnaires depuis 2000.
Aujourd’hui, si la baie de l’Aiguillon est officiellement divisée en deux réserves naturelles nationales, elle est gérée conjointement par les deux organismes comme une entité écologique et humaine unique. Pour mieux connaître les objectifs et grandes missions du réseau de réserves naturelles en France, nous vous invitons à consulter le site de Réserves Naturelles de France.
Elle constitue ainsi un site protégé majeur du marais poitevin avec lequel elle entretient une importante complémentarité écologique. De ce fait, les gestionnaires s’investissent dans de nombreux programmes en dehors du périmètre strict de la réserve, à travers par exemple la gestion de sites acquis par le Conservatoire du Littoral, avec divers partenaires dont la profession agricole (Chambre d’Agriculture de Vendée).